PCR凈化實驗室在位置選擇方面要遵從潔凈等級的設計要求，應選擇大氣含塵濃度較低，自然環境較好的區域和地段，要遠離落葉和空氣異味的場所，（如河邊、食堂周圍、動力區域等），還要盡量避開振動或噪聲干擾的區域。選擇實驗室周圍的位置、地形、環境時，要與精密設備、精密儀器、儀表等允許環境振動值進行分析權衡。

組合形式PCR凈化實驗室    

 所謂組合形式PCR實驗室, 是指完成PCR四個實驗過程的實驗用房相鄰布置，組成獨立實驗區域的形式。對于組合形式PCR實驗室，由于各個實驗間集中布置，容易造成相互干擾，因此，對總體布局以及屏障系統具有一定的要求。各室在入口處設緩沖間，以減少室內外空氣交換。試劑配制室及樣品處理室宜呈微正壓，以防外界含核酸氣溶膠的空氣進入，造成污染；核酸擴增室及產物分析室應呈微負壓，以防含核酸的氣溶膠擴散出去污染試劑與樣品。

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