實驗室醫療工藝流線主要包括工作人員流線、受檢者流線和物品流線。
工作人員流線，宜通過一個清潔、更衣的空間進入辦公生活區，工作時宜經過緩沖區域進入各實驗室，工作人員進出實驗區應有出入控制。 受檢者流線一般僅限等候區和采樣區，未經許可不得進入工作人員的工作區域。 物品流線一般包括送檢樣本流線、潔凈物品流線和廢棄物品流線。
物品流線需參考以下進行設計：
送檢樣本在采樣和/或收樣后，經過樣本分析前程序處理后送入各檢驗用房。 潔凈物品(包括實驗用器具及藥品等)通過專用通道運送后，存放在庫房、冷庫、藥品庫或無菌庫等房間。 實驗室生活垃圾應與醫用垃圾分開處理，經過分類、消毒、打包后再由污物通道運送。
實驗室工作流程包括樣本分析前程序、樣本分析、樣本分析后程序三個步驟：
a) 樣本分析前程序包括樣本受理、準備、樣品采集、處理、暫存；
b)樣本分析包括檢測、實驗分析；
c)樣本分析后程序包括檢測結果確認、報告、樣品保存、廢棄物處理。
實驗室生物安全應符合GB19489、WS 233的有關規定。實驗室消防系統設置，應符合GB 50016、GB 50084、GB 50140、GB 50116、GB 51251的有關規定。
